Yuki-Clan
Haku und seine Mutter beherrschen beide das Kekkei Genkai Hyōton. Da die Mutter von ihrem Ehemann umgebracht wird und Haku im Kampf gegen Team 7 fällt, ist zudem zweifelhaft, ob der Clan noch existiert.
Kaguya-Clan
Dieser äußerst militante Clan wird bei einem unüberlegten Angriff auf Kirigakure vollkommen ausgelöscht, nur Kimimaro überlebt, der zudem das seltene Kekkei Genkai seines Clans geerbt hat. Damit ist er in der Lage, seine Knochen nach Belieben zu formen, eine Fähigkeit, die sogar Orochimaru auf den Plan ruft, der den Jungen für sich beansprucht. Da aber auch Kimimaro letztendlich stirbt, existiert dieser Clan nicht mehr.
Hoozuki-Clan
Über diesen Clan ist sehr wenig bekannt. Die einzigen bekannten Mitglieder sind Suigetsu Hoozuki und Mangetsu Hoozuki. Das Hiden des Clans ist das Suika no Jutsu.
Kurosuki-Clan
Viel ist über den Kurosuki-Clan nicht bekannt. Es wird vermutet, dass er aus dem Wasserreich stammt, aber sollte Raiga Kurosuki, das Clanoberhaupt, der Gründer sein, ist dies eher unwahrscheinlich. Der Clan überfällt im Kawa no Kuni eine Goldmine. Allerdings wird er von Konohanin vertrieben, wobei Raiga den Tod findet.