Sarutobi-
Clan
Der Sarutobi-Clan ist ein Clan aus Konohagakure. Ihm gehörte unter anderem der Hokage der dritten Generation an.
Hyūga-
Clan
Der Hyūga-Clan ist der älteste und edelste Clan in Konohagakure. Er besteht aus zwei Familien, einmal der Hauptfamilie und einmal der Nebenfamilie, wobei Hinata aus der Hauptfamilie und Neji aus der Nebenfamilie kommt. Die Hyūgas bewohnen ein eigenes Viertel in Konoha und ihnen wird sogar von Jōnin großer Respekt entgegengebracht. Ihre Kampftechniken sind äußerst geheim und bei den Ninja gefürchtet, jedoch auch von Feinden stark begehrt. Allerdings hat nur die Hauptfamilie vollen Zugang zu den höchsten Clangeheimnissen.
Uchiha-Clan
Auch der Uchiha-Clan besitzt ein eigenes Viertel in Konoha, da er sehr groß und angesehen ist. Der Clan hat die Polizei in Konoha ins Leben gerufen und stellt seit jeher viele Shinobi aus den eigenen Reihen für den Polizeidienst zur Verfügung, doch nicht nur Uchihas sind Polizeimitglieder, sondern jeder, der höher als ein Genin ist, darf beitreten. Die Uchiha-Familie bringt über die Jahre hinweg so viele talentierte Ninja hervor, dass sie über die Landesgrenzen hinaus bekannt wird. Einer unter ihnen ist Itachi, der aber schließlich auch der Untergang des gesamten Clans wird, da er ihn, auf Befehl Konohas, auslöscht. Seitdem ist das Stadtviertel verwaist.
Nara-
Clan
Auch der Nara-Clan hütet eine Reihe geheimer Techniken, seine Mitglieder können Schatten manipulieren und die meisten ihrer Jutsu dienen dazu, den Gegner aufzuhalten. Die männlichen Mitglieder sind anscheinend alle faul, aber hochintelligent. Der Nara-Clan züchtet auch Hirsche auf einem Stück Land vor Konoha, weil sie genauso gelassen und faul sind. Sie kennen sich außerdem sehr gut mit Heilkräutern und Arzneien aus, deren Hauptbestandteil oftmals die Hirschgeweihe sind.
Akimichi-Clan
Der Akimichi-Clan ist ein weiteres Standbein des Dorfes und seine Mitglieder sind alle gut gebaut. Hierauf beruhen auch ihre geheimen Kampftechniken, denn sie besitzen in Konoha das Taijutsu mit der größten Angriffskraft. Auch besitzen sie ein umfangreiches Wissen über die Körperfunktionen und stellen geheime Pillen her, die sie im Kampf stärken. Der Clan ist befreundet mit den Naras und den Yamanakas. Ihre Mitglieder kämpfen seit mehreren Genarationen in den selben Teams.
Yamanaka-Clan
Der Yamanaka-Clan ist auf Techniken spezialisiert, die den Geist ihrer Opfer übernehmen oder unterdrücken. Inoichi Yamanaka ist der Vater von Ino und das Clanoberhaupt. Anscheinend ist er bei der selben Behörde wie Ibiki Morino tätig, die wohl den Geheimdienst von Konoha darstellt, wobei ihm seine Techniken natürlich wunderbar zugute kommen. Den Yamanakas gehört außerdem noch ein Blumengeschäft in der Stadt.
Aburame-Clan
Der Aburame-Clan ist sehr naturverbunden und kämpft mit Insekten, die sie in ihren Körpern tragen. Ihren Ruhm begründet die Familie damit, dass sie Konoha vor einem fremden Angriff beschützt und die Feinde vernichtend geschlagen hat. Auch der Aburame-Clan hat anscheinend einen eigenen Kleidungsstil, wobei hier Sonenbrillen und weite, verhüllende Kleidungsstücke vorherrschen.
Inuzuka-Clan
Die Mitglieder der Inuzuka-Familie sind wohl die Initiatoren der Verwendung von Tieren im Kampf, auch wenn die Uchihas ihre Ninnekomata verwenden, oder die Kumo-Nin verschiedene Salamander. Ihre speziell trainierten Hunde werden Ninken genannt und sind sehr intelligent und können sogar sprechen. Des Weiteren betätigen sich viele Clanmitglieder als Fährtenleser oder Veterinäre.
Kurama-Clan
Der Kurama-Clan wurde früher in einem Atemzug mit den Uchihas oder den Hyūgas genannt und war wegen seiner sehr starken Genjutsu bekannt und gefürchtet. Doch als die beiden Clanoberhäupter ums Leben kamen, verlor der Clan immer mehr an Ansehen und Macht. Er hat sich bis heute nicht wieder davon erholt, auch wenn in Konoha immer noch Zeugnisse seiner Größe vorhanden sind.
Hatake-Clan
Über den Hatake-Clan ist sehr wenig bekannt, aber Sakumo Hatake, das Clanoberhaupt und Vater von Kakashi war als Genie unter den Ninja bekannt und ebenso verehrt wie die legendären Sannin. Doch als er eine Mission nicht erfolgreich zum Abschluss bringt, kehrt sich sein Ansehen ins Gegenteil um und er begeht aus Schande Selbstmord.
Kedōin-Clan
Über den Kedōin-Clan ist nicht besonders viel bekannt. Der Anführer dieses Clans ist Kaisen Agari, ein Freund von Tsunade. Die Mitglieder dieses Clans haben die Fähigkeit, sich in die exakte Kopie des Opfers zu verwandeln. Hierbei werden Erinnerungen, Gefühle und Handlungsweisen kopiert, wodurch sogar Familienmitglieder des Betroffenen die Kopie nicht erkennen können. Der einzige Unterschied zum Original ist, dass der Anwender sein Fähigkeitenlevel behält.
Senju-Clan
Dieser Clan hat zusammen mit den Uchihas Konohagakure gegründet und Hashirama Senju, der spätere erste Hokage, ist für sein mächtiges Mokuton bekannt, ein Kekkei Genkai, das Lebenskraft aus Chakra erschaffen kann. Ob der Clan noch existiert, ist unbekannt.
Kohaku-Clan
Der Kohaku-Clan wurde vor mehreren Jahren bei einem Massaker komplett ausgelöscht. Er lebte an der Grenze des Feuerreiches. Alle Clanmitglieder werden später von Furiido als Untote mit einem Beschwörungs-Jutsu zurück ins Leben gerufen.